Sabemos poco de la vida de san Cirilo antes de su elevación al Patriarcado de Alejandría (412). Sobrino del patriarca Teófilo, del que fue sucesor, Cirilo nació probablemente en Theodosiou, quizás la actual Mahalla el Kubra, en el delta del Nilo. A través de algunas cartas de Isidoro de Pelusio, dirigidas con mucha frecuencia al patriarca Cirilo, podemos deducir que durante un determinado período vivió entre los ermitaños de Pelusio, donde puso las bases de su vida ascética. La primera fecha segura en la vida de Cirilo es el año 403, cuando, siendo todavía un joven lector, acompañó a su tío Teófilo a Constantinopla, para intervenir en el «sínodo de la encina», cerca de Calcedonia.
