A raíz de su muerte, Paulo IV lo definió como «ídolo» de los suyos, esto es, de los jesuitas, mientras un sabio coetáneo como el calvinista Teodoro Beza lo incluía entre los «espantosos monstruos» (teterrima monstra) de su siglo, junto con Servet y Juan de Valdés. La figura ha tentado a numerosos historiadores, literatos, psicólogos y ensayistas, católicos o protestantes, creyentes o ateos. Su información ha sido en ocasiones parcial y defectuosa, y en muchas ha estado imbuida por un antijesuitismo que, sin el debido discernimiento, se ha volcado sobre el fundador de la Compañía. En sentido opuesto, otros han estado ofuscados por el santo y por el fundador, han querido retrotraer el carisma de la santidad o de la fundación hasta fechas muy tempranas.
