La Liga se firmó el 20 de mayo de 1571. La noticia llegó en junio a Madrid, y el rey se demoró veinte días para redactar las instrucciones concretas que debía llevar su hermano. De nuevo, pondría a su lado personas de confianza a las que continuamente debía consultar; entre ellos, Luis de Requesens y su compañero de Alcalá de Henares Alejandro Farnesio. La flota española se reunió en Barcelona, donde don Juan de Austria tuvo que esperar hasta el 20 de julio para que llegaran sus sobrinos, los archiduques Rodolfo y Ernesto, a los que trasladó hasta Génova. La flota llegó a Nápoles el 8 de agosto para avituallarse. Pío V mandó a don Juan el estandarte de la Liga, quien lo recibió solemnemente en un acto celebrado en la iglesia de Santa Chiara. A finales de agosto, la flota llegó a Mesina, donde se concentró la armada de la Liga. Allí don Juan pasó revista y recibió el jubileo, con el resto de los miembros de la Armada.
