Generalmente la filosofía de Balmes es entendida meramente como filosofía del sentido común, cuando en realidad se trata de algo bastante más complejo. Tanto en Filosofía fundamental como en Filosofía elemental (siendo ésta segunda obra de carácter más divulgativo) se trata el tema de la certeza.
Para Balmes no existe la posibilidad de dudar de todo: haciendo afirmación tal, olvidamos que hay una serie de reglas del pensar que admitimos como verdades para poder dudar. De forma similar a lo planteado por San Agustín o Descartes, afirmar que dudamos implica necesariamente la certeza de que estamos dudando. De ésta manera, también la duda es una certeza. Es imposible un auténtico escéptico radical, pues no existe la duda universal.
La certeza es natural e intuitiva como la duda, y anterior a la filosofía.
Balmes niega la exclusividad de las teorías de los filósofos: la filosofía es la plenitud del saber natural, y está arraigada al ser hombre. Afirmar, por ejemplo, que el cogito es la fundamentación de la verdad y la filosofía no es de por si una afirmación equivocada, pues es cierto lo que afirma, pero falso lo que niega, pues además del cogito hay otras posibilidades de fundamentación. Balmes no reduce ésta idea solamente al ámbito de la filosofía, y la extiende también al pensamiento humano general.
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