Su padre, D. Alonso Sánchez de Cepeda, conocido por «el Toledano», era hijo del converso D. Juan Sánchez de Toledo, dinámico y afortunado mercader toledano, nacido sobre el 1440, domiciliado «a la collación de Santa Leocadia» y casado con Inés de Cepeda, cristiana vieja, oriunda de Tordesillas.
Hubo de ella muchos hijos, de los cuales conocemos el nombre de siete varones (Hernando, Alonso, Pedro, Ruy, Alvaro, Lorenzo y Francisco) y de una mujer, Elvira.
Juan, que había judaizado, fue penitenciado por la Inquisición de Toledo a 22 de junio de 1485 por «herejía y apostasía contra nuestra sancta fee católica» y tuvo que ir en procesión con los reconciliados, durante siete viernes, por las iglesias de Toledo, tocado de «un sambenitillo con sus cruces».
Con él fueron reconciliados sus hijos, menos el mayor, Hernando, que no fue reconciliado. Alonso tenía entonces cinco años.
Su padre decidió entonces trasladar a Avila su negocio de paños, donde volvió a prosperar, educando a sus hijos muy cristianamente y casando a todos ellos con familias muy hidalgas.
Alonso casó en 1505 con Catalina del Peso, e instaló su domicilio en la que fuera «casa de la Moneda», calle en medio con el hospital de Santa Escolástica y frontero de la parroquia de Santo Domingo de Silos.
