Gilson nació en París el 13 jun. 1884; fue educado en escuelas cristianas, donde la fe católica recibida de sus padres se fortaleció y se unió íntimamente a la cultura de su país y de su época; en efecto, cuando luego hizo los estudios universitarios en un ambiente agnóstico como el de la Sorbona, en París, supo aprender la técnica de la investigación intelectual de sus profesores (Brochard, Delbos, Lalande, Lévy-Bruhl, Durkheim) sin dejarse llevar por su orientación antimetafísica y positivista.
Al preparar su tesis doctoral, Gilson tuvo ocasión de estudiar los antecedentes de la filosofía cartesiana, y descubrió que las ideas fundamentales de Descartes derivan de nociones metafísicas propias de la escolástica , es decir, de la filosofía cristiana de la Edad Media. De ahí nació en Gilson el deseo de estudiar a fondo la filosofía medieval, para averiguar hasta qué punto era cierto lo que en su tiempo sostenían los historiadores de la filosofía, es decir, que en la Edad Media no había habido verdadera filosofía sino sólo teología, y que la historia de la filosofía daba un salto de los griegos a Descartes, considerado padre de la filosofía moderna.
Desde 1905 hasta 1930 Gilson se dedicó a estos estudios, llegando a la conclusión -actualmente aceptada por los historiadores- de que la época patrística y escolástica dio lugar a un importante y original desarrollo filosófico, produciendo nociones que a través de Descartes han influido también en la filosofía moderna y contemporánea: p. ej., la noción de Dios trascendente, la noción de libertad, de historia, de persona, etc. Estas conclusiones históricas dieron lugar, en los años de 1930, a una apasionada polémica filosófica en Francia y en toda Europa.
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